عماد العلماء المحققين وسناد الفقهاء الراشدين ، الحائز للعلم والعمل ، والمرضىّ في الأقوال والأفعال الشيخ مرتضى المظاهرى دام تأييده له قوّة استنباط الأحكام من الحلال والحرام من المدارك التي عليها المدار عند الفرقة المحقّة » . وقال الشيخ عبد الصاحب نجل صاحب الجواهر في إجازته المؤرخة 1345 : « وبعد ، فقد ذاكرت مدّة مديدة الفاضل الصمداني والمؤيد بالتأييد الربّانى ، المحقق المدقّق ، الزكي الألمعى ، الأديب النجيب ، ثقة الإسلام الشيخ مرتضى المظاهرى الأصبهاني دامت بركاته جملة كثيرة من الأحكام الشرعية أصولية وفقهية ، فوجدته عالماً بالأصول والفروع ، وصاعداً عن حضيض التقليد إلى أوج الاجتهاد . . . وكذلك صحبته صحبة أكيدة في مدّة مديدة ، فوجدته ثقة عدلًا لا أشك في ذلك ، فهو المجتهد العدل » . عاد الشيخ إلى أصفهان واشتغل بالتأليف والتدريس وإقامة الجماعة ، وكان له حجرة في مدرسة نيم آورد يدرس فيها . وفي أواخر عمره الشريف اختار الانزواء مدّة عشرة سنين واشتغل بنفسه .